| 해외한인장로회 총회(KPCA: Korean Presbyterian Church Abroad)
40주년을 맞이한 해외한인장로회는 1976년 8월 시카고소재 시세로한인장로교회에서 서노회, 중앙노회, 동노회 대표가 모여 "한인장로회 미주총회"를 창립함으로 시작되었다. 1987년 현재 미국교협(NCC)에 가입한 유일한 소수민족 교단으로 한국의 예장통합총회 및 미국장로교와 긴밀한 협력관계를 유지하고 있다. 현재 요한동경기독교회 담임목사인 홍석표 목사를 비롯한 다수의 교역자가 해외한인장로회(KPCA)에 소속되어 있다
| 일본선교신학원(Japan Mission Theological Seminary)
일본선교를 비롯하여 아시아, 세계 선교를 감당할 주의 일꾼을 배출하고자 하는 목적으로 1996년에 설립된 교육기관이다. 모든 수업은 일어로 진행되고 있다.
| 사단법인 요한선교회
한국 정부에 의해 정식으로 인가를 받은 사단법인으로 일본선교와 세계선교를 위해 사역하고 있다.
| 한국해외선교회
1980년대 이후 한국교회는 타문화권 선교사역에 본격적으로 참여하였으나 한국교회의 선교역량과 잠재력에 비하여 선교사역의 구체적인 통로인 파송체제가 정비되어 있지 못했다. 이러한 상황에서 KOMF, GMTC 등의 단체가 뜻을 같이하여 1987년에 사단법인 한국해외선교회의 설립인가를 받게 되었다. 1998년 6월말 현재 본부 행정선교사를 포함하여 2700여명의 선교사가 30여개 나라에서 활동하고 있고, 59명의 간사가 본 선교회의 사역홍보 및 선교사 발굴을 감당하고 있다.